本局特於2010年12月25日高雄縣市合併後，將第六科更名為環境稽查科，統籌辦理本市空氣污染、噪音、水污染、飲用水及一般廢棄物之稽查工作，並按行政區域，將現有稽查人力規劃成北、中、南三個區股，24小時為民服務。北區股設置於岡山垃圾焚化廠，中區股設置於本局中區資源回收廠內，南區股設置於本局南區資源回收廠，以因應重大案件能在卅分鐘內抵達現場，即時採證取締污染。
每區股再依行政區設有稽查組，每組置約3名稽查人員，配有稽查車、通訊設備、稽查器材，針對民眾陳情環境衛生、空氣污染、噪音、水污染等案件，在最短時間內前往現場查察，並視情節輕重，勸導違規行為人立即(或限期)改善，或逕予取締告發，使民眾經由單一公害報案中心能即刻獲得有效之處理。
受理民眾書面提起之陳情案件審理、答覆，及訴願案件之交查事項、訴願答辯書之撰擬。
開立舉發通知書及裁處書告知行為人之違規行為及違反法規，並以郵遞送達違規行為人。
移送行政執行署強制執行之手續及處理事項、配合至行政執行署收繳罰鍰事項、導引行政執行署執行人員至現場處理事項、行政執行署查封案件拍賣、承受事項、行政執行署強制執行結果登錄事項。
訴行政罰鍰收據收領、保管事項、繳款書處理事項、罰鍰收入點交事項。
本局主動稽查之違規廣告物，經查證廣告物登載之電信號碼為廣告使用後，除依電信法停話，並依廢清法告發電信號碼登記所有人。
民眾發現違反廢棄物清理法之行為，得以書面、檢舉平台或其他適當方式，敘明具體違規事實，並檢具相關資料之檢舉受理，及民眾檢舉違反廢棄物清理法案件，經查證屬實，按規定比例發給檢舉獎金。
