針對本市屬水污染防治法列管事業所提送水污染防治措施，確認其申請案件資料是否符合法規之規定，並於現場實際勘查確認，以達污染防治成效。屬水污染防治法列管事業所領受之水污染防治措施相關許可證(文件)，亦公開於環境部指定網站供民眾查詢，並提供線上閱覽及擋案下載等服務。

基於「污染者付費」原則，針對排放廢(污)水於地面水體之事業、污水下水道系統及家戶，應依其排放水質水量徵收水污染防治費(以下簡稱水污費)，為維護本市水污費徵審作業運作，本局設置一專線電話，由專人提供諮詢服務，並協助應申繳水污費對象完成申報繳費作業。

畜牧糞尿經過厭氧消化後生成之水溶性物質為沼液，沼液及沼渣中含有豐富的養分及肥分，可提高植物的抗病蟲害能力，有益於作物生長及產量提升。農民使用沼液沼渣作為農地肥分，可減少化學肥料使用，推動有機農業，節省可觀的肥料開支。

為提升流域水體品質，除了透過事業的水污染防治措施及行政機關的稽查，亦納入民間力量參與水環境保護工作，結合當地民眾、社區、學校及民間團體等量能，由巡守隊員進行定期巡檢及淨溪淨川活動，維護水質健康，辦理淨溪淨川活動時，亦邀請當地耆老或社區老師介紹流域的歷史與傳承，體現水環境文化。